根据中国税收法规，购买第二套房子需要缴纳契税，契税的税率分为普通契税和优惠契税两种，普通契税税率为3%,而优惠契税税率为1.5%，如果购买的是首套房且面积小于90平方米，还可以享受个人所得税优惠政策，如果您购买的是第二套住房，无论面积大小，都不能享受个人所得税优惠政策。
如果您购买的是100万元的第二套住房，且不满足上述条件，则需要缴纳3%的契税，具体计算公式如下：房屋总价×契税税率=应缴纳契税金额，也就是说，100万元的第二套住房需要缴纳3%的契税，即3万元。
需要注意的是，以上仅为一般情况下的计算方法，在具体操作中还需考虑其他因素，如购房人是否为首次购房、所购房产是否为新建商品房等，建议您咨询当地税务部门或相关专业机构以获取更为准确的信息。
