北京违反限行规定的处罚方式包括罚款、扣分和暂扣车辆行驶证，具体罚款标准根据车辆类型和排放标准而定，一般为100元至2000元，驾驶员还将被扣除相应的驾驶积分，对于多次违反限行规定的车辆，交警部门有权暂扣其行驶证。
