厦门市拥有多所本科大学，其中包括：
1、厦门大学：是中国教育部直属的全国重点大学，也是福建省较早一所进入国家“双一流”建设高校行列的综合性大学。
2、集美大学：是福建省人民***与教育部共建高校，位于厦门市集美区，该校设有14个学院，涵盖了理、工、文、管、法等多个学科领域。
3、福建师范大学闽南科技学院：坐落于厦门市思明区，是由福建师范大学举办的本科普通高等院校，学院设有10个二级学院，覆盖了教育、文学、历史、理学、工学、管理等多个学科门类。
4、厦门理工学院：位于厦门市翔安区，是一所以工为主，工、理、管、文、艺多学科协调发展的全日制本科普通高校。
5、中国科学院福建物质结构研究所研究生院：位于厦门市海沧区，是为中国科学院所属的研究生教育机构，提供材料物理、化学、生物学等相关专业的硕士和博士研究生教育。
