草金鱼和锦鲤的主要区别在于它们的外观和颜色，草金鱼体型较小，鳞片较细小，颜色多为金色、黄色或白色，而锦鲤体型较大，鳞片较大且有花纹，颜色丰富多样，如红、黑、白、蓝等，锦鲤通常比草金鱼更耐寒，适应性更强。
