新疆农业职业技术学院前身是1958年2月创办的昌吉州合作干部学校，1959年9月自治区人委批准转建为新疆***尔自治区昌吉农业技术学校。1962年4月，更名为新疆***尔自治区昌吉农业学校。1988年2月更名为新疆***尔自治区农业学校，2000年6月新疆***尔自治区人民***批准升格为新疆农业职业技术学院。2008年8月，新疆农业职业技术学院与新疆***尔自治区农业干部学校合并，组建新疆农业职业技术学院（新疆农业技师培训学院）。
截至2018年12月，学院有校本部、屯河校区、东泉校区、榆泉校区4个校区，占地面积6000余亩。
