牡丹和芍药的主要区别在于它们的花瓣形状、花期和花色，牡丹的花瓣丰满厚实，呈波浪状，花期较长，色彩丰富；而芍药的花瓣较薄，形状较为扁平，花期较短，色彩相对单一，两者的根部也有所区别，牡丹为肉质根，芍药为草本根。
