南京南站和南京站的主要区别在于它们所在的地理位置,南京站位于南京市中心,是江苏省最大的铁路客运站之一,主要服务于南京市及周边地区的旅客,而南京南站则是一座现代化的高铁站,位于南京市南部,连接了多条高速铁路,如京沪高铁、宁启铁路等,主要服务于长三角地区及至全国范围内的旅客,南京南站的规模和设施相对较大,列车行驶速度更快,因此在出行时需要根据实际需求选择合适的车站。