酵母菌和细菌是两种不同的微生物，它们在结构、代谢方式和生活习性等方面存在显著差异。
从结构上看，酵母菌属于单细胞真菌，具有真核细胞，即具有细胞核、细胞质和细胞器等结构；而细菌则属于原核生物，没有真核细胞结构，只有核区(拟核)和细胞质。
在代谢方式上，酵母菌是兼性厌氧型微生物，既可以进行有氧呼吸，也可以进行无氧呼吸；而大多数细菌则是需氧生物，只能进行有氧呼吸，酵母菌还可以合成一些大分子化合物，如核酸、糖类等，而细菌则主要通过合成小分子有机物(如蛋白质、脂肪酸等)来维持生命活动。
在生活习性上，酵母菌通常适于在富含碳水化合物的环境中生长繁殖，如面包、酒类等食品制作过程中；而细菌则广泛分布于各种环境中，包括土壤、水体、空气等，有些细菌对人类有益(如肠道中的益生菌),而有些则可能引起疾病(如病原菌)。
酵母菌和细菌在结构、代谢方式和生活习性等方面都存在较大差异，这些差异使得它们在生物学功能和应用领域上各有特点。
