原核微生物和真核微生物的主要区别在于它们的细胞结构和基因组大小，原核微生物，如细菌，属于原核生物界，其细胞结构相对简单，没有真正的细胞核，而是由一个环状的DNA分子包围的区域称为拟核，原核微生物的基因组相对较小，通常在几千到几十万个碱基对之间。
相比之下，真核微生物，如真菌和植物，属于真核生物界，其细胞结构更为复杂，具有真正的细胞核和其他细胞器，如线粒体和内质网，真核微生物的基因组较大，通常在数十百万到数亿个碱基对之间。
原核微生物和真核微生物的生长方式、代谢途径和生存策略也有所不同，原核微生物通常通过分裂繁殖，快速适应环境变化，而真核微生物则通过有性生殖或无性生殖进行繁殖，生长速度较慢，但更能承受环境中的压力，原核微生物和真核微生物在结构、基因组大小、生长方式和代谢途径等方面都存在显著差异。
