肺部化脓感染是一种严重的疾病，需要及时治疗，治疗方法包括抗菌治疗、脓液引流和手术治疗，抗菌治疗是肺脓肿治疗的基础，通常吸入性肺脓肿要选择能够覆盖厌氧菌感染的抗生素，可以选择头孢青霉素类，β-内酰胺和β-内酰胺酶抑制剂的联合制剂，三代头孢氟喹诺酮类的药物，如果是菌团菌引起的肺脓肿，首选大环内酯类或者是氟喹诺酮类的药物，如果是奴卡菌的肺脓肿首选磺胺类的药物，如果是MRSA也就是耐药的金黄色葡萄球菌引起的肺脓肿，首选的是万古霉素、利奈唑胺这样的药物。
除了抗菌治疗，肺脓肿还可以进行脓液引流，可以应用化痰药物还有支气管扩张剂，加强痰液的引流。
