菌株和菌种是微生物学中两个重要的概念，它们之间存在着明显的区别，简而言之，菌株是指在特定条件下生长和繁殖的一组具有相同遗传特征的微生物个体，而菌种则是指具有某种特殊功能或特性的微生物种类。
从定义上看，菌株是微生物群体中的一个单一个体，它是由一个原始微生物体通过自然繁殖或人工培养产生的，菌株通常具有稳定的遗传特征，包括基因型、表型和生存条件等，不同的菌株可能具有不同的生长速度、代谢产物和抗菌活性等特点。
相比之下，菌种则是指在某一特定领域内被广泛认可和应用的微生物种类，菌种通常具有独特的生理特性或功能，如产生特定的酶、激素或其他生物活性物质，或者对特定环境具有较强的适应性等，由于菌种的特殊性质，它们在科学研究、工业生产和医疗卫生等领域具有重要的应用价值。
从来源上看，菌株可以来源于自然界中的任何地方，如土壤、水体、植物或动物体内等，这些自然来源的菌株通常可以通过野外调查、样品采集或实验室培养等方式进行收集和保存，而菌种则通常是通过人工选择和培养得到的，以满足特定的应用需求，为了获得高产β-葡聚糖酶的奶牛乳液中分离出的优良突变株，科学家们进行了长时间的选择和育种工作。
从应用角度看，菌株主要用于科学研究和实验诊断等领域，通过对不同菌株之间的比较和研究，科学家们可以了解微生物群体的结构和演化规律，揭示其潜在的生物学功能和治疗方法，而菌种则更多地应用于实际生产和商业活动中，如食品发酵、制药工业、环境保护等，乳酸杆菌是一种常见的菌种，广泛应用于酸奶、泡菜等食品的生产中；大肠杆菌则是一种重要的制药前体菌，可用于生产抗生素等药物。
菌株和菌种虽然都是微生物的一种，但它们在定义、来源和应用等方面存在着明显的区别，了解这些区别有助于我们更好地理解微生物的多样性和功能，为科学研究和实践应用提供有力支持。
