处理部门内部矛盾的方法有很多种,以下是一些常见的方法:1、沟通:及时沟通可以避免矛盾激化,通过沟通,可以让双方了解对方的想法和需求,从而找到解决问题的方法。2、协商:协商是解决矛盾的重要方法之一,通过协商,可以让双方找到共同的利益点,从而达成一致。3、调解:如果矛盾无法通过沟通和协商解决,可以考虑调解,调解可以通过第三方来实现,例如领导或者专业机构。4、仲裁:如果矛盾非常严重,可以考虑仲裁,仲裁是一种专业的解决争端的方式,通常由专业人士来主持。