综合计算工时制下，加班工资的计算方法如下：
1、需要确定员工的日标准工作时间，通常情况下，企业会根据国家规定的工作时间来确定员工的日标准工作时间。
2、需要计算员工的总工时，总工时=月标准工作时间×每月工作天数，月标准工作时间为员工的基本工作时间，如8小时/天；每月工作天数为员工在一定周期内的实际工作天数，如22天。
3、需要计算加班工时，加班工时=总工时-法定节假日加班工时-休息日加班工时-平时加班工时，法定节假日加班工时、休息日加班工时和平时加班工时分别由企业根据实际情况进行安排和记录。
4、根据加班工时和企业的加班工资政策，计算员工的加班工资，通常情况下，企业会设定一个固定的加班工资标准，如每小时150元，那么员工的加班工资=加班工时×加班工资标准。
需要注意的是，综合计算工时制下，员工的工作时间可能会受到季节性、行业性等因素的影响，因此企业在制定和执行相关政策时应充分考虑这些因素，企业还需确保加班工资的支付符合国家相关法律法规的要求。
