真菌和细菌都是微生物，但它们之间存在一些关键区别，它们的细胞结构不同，真菌具有真正的细胞核，而细菌没有，这使得真菌能够进行自主代谢和有性繁殖，而细菌则依赖于分裂繁殖。
真菌通常比细菌更大，有更复杂的形态和生命周期，真菌可以是单细胞的，如酵母菌，也可以是多细胞的，如霉菌，它们在自然界中扮演多种角色，如与植物共生形成根瘤菌或参与分解有机物，而细菌通常是球形或杆状的单细胞生物，广泛存在于各种环境中，有些对人类有益(如肠道中的益生菌),有些则有害(如病原菌)。
第三，真菌和细菌在生长条件和营养来源上也有所不同，真菌可以在有机物(如死亡的植物或动物组织)中生长和繁殖，从而获得碳源，而细菌可以在多种环境中生存，包括无机物和有机物，但它们通常需要特定的环境才能生长良好，细菌可以通过吞噬其他微生物来获取营养，这被称为“内共生”，而真菌通常不会这样做。
真菌和细菌在生殖方式上也有差异，真菌可以通过无性繁殖(如孢子)或有性繁殖(如接合)产生后代，而细菌只能通过二分裂法进行无性繁殖。
真菌和细菌的主要区别在于它们的细胞结构、形态、生命周期、生长条件、营养来源和生殖方式，这些差异使它们在生物学功能和生态位上有所区别。
