植物分类学是对植物类群进行分门别类、鉴定和命名、亲缘关系探讨的一门科学。随着学科的发展，植物分类学有三个层次的定义，即植物分类(plant classification)、植物分类学(plant taxonomy)和植物系统分类学(plant systematics)。植物分类是对植物类群进行分门别类的技术，如李时珍的《本草纲目》。植物分类学是对植物类群进行鉴定和命名的科学，如林奈的Species Plantarum (《植物种志》)。
植物系统分类学是在分类、鉴定和命名的基础上，探讨植物类群进化与系统发育的科学。
植物系统分类学的科属排列已反映类群间的亲缘关系，如《中国植物志》。
