末那识和阿赖耶识是佛教中关于意识的两种不同层次的概念，它们之间的根本区别主要体现在以下几个方面：
1、来源：末那识(Sañchik-bhumi)来自于无始以来的业力和烦恼，是一种潜藏在第八意识层中的习气种子，而阿赖耶识(Alaya-bhumi)则是佛性，是一种本来就存在的、不生不灭的觉性。
2、功能：末那识主要负责存储和执持五蕴(色、受、想、行、识)的种子，使得众生能够继续轮回，阿赖耶识则是一切有情众生的共性，它包含了一切可能产生的意识，是一切因果关系的根源。
3、境界：末那识受到业力和烦恼的影响，容易产生执着和轮回的痛苦，而阿赖耶识则是一种清净的、无染的境界，可以帮助众生认识真实的自我和解脱轮回。
4、修行：要消除末那识的执着，需要通过禅定等修行方法，使心境达到一种超越生死的境界，而要证悟阿赖耶识，则需要通过菩提道的修行，最终达到涅槃的境界。
5、性质：末那识是一种相对固定的意识状态，随着时间的推移和环境的变化而变化，阿赖耶识则是一种永恒不变的觉性，不受时间和空间的限制。
末那识和阿赖耶识的根本区别在于它们的来源、功能、境界、修行和性质等方面，末那识是一个渐变的过程，而阿赖耶识则是一个顿悟的境界，通过修行，我们可以逐渐净化自己的心灵，最终证悟阿赖耶识，实现解脱轮回的目标。
