专票和普票的主要区别在于开票主体资格和用途，专票由国家机关、事业单位或大型企业开具，主要用于报销和抵扣税款；而普票则由各类纳税人开具，主要用于商业交易中的收款和付款，专票有税号，可以进行税务登记和核算；普票无税号，只作为交易凭证使用。
