乍得湖地处热带稀树草原的气候区，其湿季时受赤道低压带控制，降水补给丰富；多条河流汇入，地表径流补给较多；东北部的盆地比乍得湖低很多，大量湖水通过地下径流源源不绝地往盆地渗流过去，盐分随之排出，故湖水盐分低，成为淡水。
