同源染色体和姐妹染色体都是生物体细胞核中具有相同遗传信息的两条染色体，但它们之间存在一些明显的区别。
同源染色体是指一对染色体的形态、大小和结构基本相同，且在减数分裂过程中能够配对的两条染色体，同源染色体上的基因通常有特定的组合，称为等位基因，在人类细胞中，共有23对同源染色体，其中一对是性染色体(XX或XY),另一对是常染色体(AA或aa)。
姐妹染色单体是指在细胞分裂过程中，通过复制形成的两个完全相同的染色质片段，它们之间的联系是在间期进行DNA复制时，由一个着丝粒连接在一起，当细胞进入有丝分裂或减数分裂过程时，姐妹染色单体会在纺锤体牵引下分开，分别被转移到两个子细胞中，姐妹染色单体在细胞分裂过程中具有短暂的共同存在关系。
同源染色体和姐妹染色单体的主要区别在于它们的功能和作用不同，同源染色体参与决定个体基因型的过程，决定了个体的遗传特征；而姐妹染色单体则是细胞分裂过程中的重要结构，参与染色体的复制和分配过程，同源染色体还可以发生联会现象，导致基因重组和变异的发生；而姐妹染色单体则不会发生这种现象。
