公寓和商品房的主要区别在于产权、交易方式和居住环境,公寓的产权通常为40年或70年,属于有限产权,而商品房的产权为无限产权,公寓的交易方式多为二手房,而商品房多为新房,公寓通常位于城市中心地段,居住环境较为拥挤,而商品房则位于城市郊区或远郊,居住环境相对较好。