木薯淀粉和红薯淀粉的主要区别在于它们的原料不同,木薯淀粉是由木薯根茎经过淀粉提取、净化、干燥等工艺制成的,主要用于制药、食品、化工等行业;而红薯淀粉则是由红薯经过研磨、过滤、干燥等工艺制成的,主要用于食品加工,如制作粉条、糕点等,两者在口感和用途上也有所不同,木薯淀粉具有较好的稳定性和粘性,适用于制药等行业;红薯淀粉口感细腻,适合用于食品加工。