What do you say？
你说什么？
What are you saying？
你在说什么？
这两句话的区别在于时态不同。
What do you say?
是一般现在时态，表示经常发生的事情。句中do是助动词，没有实体意义。与What同用仅表示该句为特殊疑问句。
what are you saying？
是句现在进行时态的句子，表示正在发生的事情。句中的are助动词，与saying(say的ing形式或say的现往分词)构成现在进行时态。
两句在译成中文时，也存有差异。前一句问"干什么"，后一句问"正在干什么"。
