细菌和霉菌的主要区别在于它们的生长方式、新陈代谢类型和对环境的反应。
从生长方式上看，细菌是单细胞生物，而霉菌通常是多细胞的真菌，这意味着霉菌可以形成复杂的组织结构，例如菌丝体，而细菌则没有这样的能力。
它们的新陈代谢类型也不同，大部分细菌是异养生物，它们依赖于环境中的其他物质来获取营养，如碳水化合物或蛋白质，有些细菌(例如硫细菌和硝化细菌)能够自己进行化学合成以获取能量，霉菌是自养生物，它们可以利用环境中的碳源(如有机物)进行生长和繁殖。
对于环境的反应，有些细菌可以在极端环境下生存，比如高温或低温，高盐或者低氧的环境，霉菌通常更适应常见的室温环境。
这些区别反映了细菌和霉菌在生物分类学上的不同地位：细菌一般被归类为原核生物，而霉菌被归类为真核生物。
