数据库系统和文件系统的主要区别在于数据组织和管理方式,数据库系统以关系模型为基础,通过结构化查询语言(SQL)进行数据的存储、查询和更新;而文件系统以层次结构的方式组织数据,通常使用命令行或图形用户界面进行操作,数据库系统具有更强大的数据完整性和安全性控制,适用于大型、复杂的应用场景。