南京天妃宫和天津天妃宫在历史背景、建筑形式和用途上有一些不同。
南京天妃宫始建于明朝永乐五年（1407年），是中国海上丝绸之路以及郑和下西洋的重要历史遗存。它是明成祖朱棣为感谢天妃娘娘妈祖等诸神护佑郑和航海平安而敕建的，与静海寺相邻。郑和在以后的六次下西洋出航前和归航后，都专程前往龙江天妃宫祭祀妈祖。天妃宫屡遭战火，历代均有修葺，解放后亦多次修缮，占地面积5000平方米，由东西两轴线院落组成。
天津天妃宫，又称天妃灵慈宫，始建于元世祖至元年间，为元代官方所建妈祖庙之一，历经元、明、清三代，屡有扩建及修葺。清朝末期，八国联军侵华时遭到破坏；1950年以后，天妃宫因年久失修，逐渐成为遗址。1998年12月至1999年1月，市考古部门对天妃宫遗址进行了考古发掘，发掘出元代建筑基址和天妃宫明清大殿基址，并出土了大量金、元、明、清各时期的建筑构件和生活用品。
总的来说，南京天妃宫和天津天妃宫都是重要的历史文化遗产，但由于历史原因和地理位置的不同，它们在建筑形式和用途上有所不同。
