灵活就业保险和城乡居民保险的主要区别在于保障范围和参保对象，灵活就业保险主要针对个体户、自由职业者等非全日制就业人员，而城乡居民保险则是为农村居民和城市非正式就业人员提供保障，两者的缴费方式和待遇水平也有所差异。
