生物钟，又称为生理钟或内在时钟，是指生物体内的一种自然调节系统，能够感知和适应环境的时间变化，从而调控生物体的生理活动、代谢节奏和行为节律，生物钟的作用机制涉及多种生物学过程，如神经递质、激素分泌、基因表达等，对于维持生物体的生态学平衡和适应环境变化具有重要作用。
生物钟的形成与人类和其他动物的进化历程密切相关，早期的生物在漫长的进化过程中逐渐形成了对昼夜变化的敏感性，以便更好地捕捉食物和避免捕食者的袭击，随着时间的推移，生物钟在神经系统和内分泌系统中得到了逐步完善和发展，形成了现代生物钟的基本结构。
生物钟的运行受到地球自转和公转的影响，因此昼夜交替和季节变化对生物钟具有显著的影响，人类的生物钟主要受视交叉上核(SCN)中的“主脉冲”调控，该信号周期性地发生并同步所有生物体内的生理节律，环境光、温度、社交活动等因素也会通过反馈回路调节生物钟的功能。
了解生物钟对于我们日常生活和健康至关重要，调整作息时间以适应生物钟可以帮助改善睡眠质量、提高工作效率和增强生活质量；研究生物钟机制有助于揭示许多慢性疾病的发病机制，如心血管疾病、糖尿病和精神障碍等；生物钟技术还可以应用于农业、畜牧业等领域，提高产量和质量。
