旗舰店是品牌在电商平台上的官方直营店,具有正品保障、售后服务等优势,京东自营旗舰店则是由京东自己运营的店铺,商品由京东采购并负责售后,两者的主要区别在于销售方不同,旗舰店更注重品牌形象和用户体验,而京东自营旗舰店则更注重价格竞争力和物流速度。