公寓房和商品房的主要区别在于产权性质、交易方式和居住环境,公寓房为集体所有,产权期限较短,交易受限制,通常为按揭购买;而商品房为个人所有,产权期限较长,交易自由,价格较高,公寓房多位于城市中心,居住环境较为拥挤,而商品房则可选择郊区或城乡结合部,环境较为宽敞。