1、生源层次不同。5年制专科招生对象是初中毕业生，而3年制专科招生对象是高中、中专或职高毕业生。
2、学制年限不同。顾名思义，一个是五年学制，一个是三年学制，故学生在校学习时间也不尽相同。
3、教学计划不同。5年制专科前2~3年注重文化课和学生养成教育，后2年则注重技术技能培养和动手能力训练；3年制大专前1~2年特别注重学生素质教育，后1~2年注重技能训练和动手能力培养。
4、缴纳学费不同。因为国家对5年一贯制专科学校有一些学费上的优惠政策，所以，5年制专科学校缴纳学费一般要比专科学校略少一些。
毕业证上较早的不同是3+2制学生的毕业证上会标明“3+2五年制大专”这一字样。
五年制大专（包括3+2制及五年一贯制）和经过高考统招的大专毕业后都是国家承认的专科学历，都属于国民教育行列，在学信网上可查。
大专：指的是三年学制的大专
五年专：指的是“3+2”的五年学制。
