笛子E调和F调的区别主要在于音高，E调的笛子最低音为E,往上依次是G、A、B、C,然后从低音E开始往上演奏；而F调的笛子最低音为F,往上依次是G、A、B、C、D、E,然后从低音F开始往上演奏，它们的音阶不同，演奏出的曲调也会有所差异。
