分子和原子是化学中的基本概念，它们都是构成物质的基本单位，但在很多方面，它们之间存在显著的区别。
从定义上看，分子是由两个或更多个原子通过共享电子形成的化学键结合在一起的物质单元，在水分子H2O中，两个氢原子与一个氧原子共享电子形成了一个共价键，而原子，又称元素，是物质的最基本单位，它由质子、中子和电子组成，这些粒子通过强核力紧密地结合在一起，原子在化学反应中保持不变，而分子可以被分解成原子，然后再组合成新的物质。
分子和原子的功能不同，原子是构成物质的基本单位，所有的物质都是由原子构成的，而分子则是物质的一种状态，当分子被加热或冷却时，它的体积和形状会发生变化，分子还具有特定的化学性质，因为它们的结构决定了它们如何与其他分子或原子相互作用。
分子和原子在数量上也有所不同，我们可以通过观察物质的数量来区分它们，如果我们看到一个红色的苹果，那么我们就知道那里有很多原子(主要是碳、氧和氢原子)，如果我们看到一个蓝色的云，那就是因为云是由大量的水分子组成的。
分子和原子的主要区别在于它们的结构、功能和数量，尽管它们都是构成物质的基本单位，但它们的性质和行为在很大程度上是由其微观结构决定的。
