支原体和衣原体感染的临床症状非常相似,且治疗方法也完全相同,即使用大环内酯类的抗生素或四环素类的药物,因此从感染的临床表现以及治疗的角度而言,二者无明显区别,但是两种微生物本身不同,且感染的器官发生率也不同,支原体主要引起上呼吸道感染、下呼吸道感染、生殖道感染等;而衣原体则主要引起生殖道感染、眼结膜炎、肺炎等 。