多西环素和盐酸多西环素的主要区别在于化学结构，盐酸多西环素在分子中添加了羧基，使其更易溶于水，生物利用度更高，盐酸多西环素具有更好的抗酸性能，适用于胃酸分泌较多的患者，两者的药理作用相似，都属于四环素类抗生素，主要用于治疗革兰阳性或阴性菌感染。
