用工协议和劳动合同的主要区别在于它们的法律性质和约束力,用工协议是用人单位与劳动者之间就劳动关系达成的初步意向,通常不具有法律约束力,而劳动合同则是具备法律效力的书面文件,明确规定了双方的权利和义务,对劳动关系具有约束力,劳动合同一经签订即成为劳动法规定的劳动合同关系,受法律保护,在建立劳动关系时,应签订正式的劳动合同而非用工协议。