支原体和衣原体都是细菌，但它们有一些关键的区别，它们的大小不同，支原体的直径通常在0.25-0.5微米之间，而衣原体的直径约为0.25微米，它们寄生的生物也不同，支原体主要寄生在动物细胞中，如猪、马等动物的生殖系统，而衣原体则可以寄生在人类和一些动物的细胞中，两种细菌引起的疾病也有所区别，支原体感染可能导致肺炎、气管炎、尿道炎等呼吸道和泌尿生殖道疾病；而衣原体感染主要表现为沙眼、肺炎、性传播疾病等，治疗方式也有所差异，目前尚无针对衣原体的特殊抗生素，治疗通常采用针对支原体的抗生素，支原体和衣原体虽然都是细菌，但它们在大小、寄主和疾病方面存在明显差异。
