1、病原体不同：病毒性腹泻的病原体是病毒，包括腺病毒、轮状病毒等，而细菌性腹泻的病原体是各种能够感染肠道的细菌，如痢疾、阿米巴、伤寒等；
2、临床表现不同：不管是何种原因引起的腹泻都会出现腹痛、腹泻等症状，但是病毒性腹泻的特点是起病急、恶心、呕吐、发热及全身不适等症状，而细菌性腹泻则以黏液便、血便为主要表现；
3、治疗方法不同：由于两种类型的腹泻病因不同，因此治疗方法也不同，对于病毒性腹泻，目前尚无特效药物，主要采用对症治疗和支持治疗；而对于细菌性腹泻，则需要根据不同的病原体选择相应的抗生素进行治疗。
