在清华大学工作期间，他努力贯彻党的教育工作方针，吸收国外先进经验，联系中国实际，积极探索适合中国国情的社会主义办学道路。
他重视最新科学技术的发展，陆续在清华大学创建了原子能、自动控制等多种新兴学科；他十分重视对学生的马克思主义的教育和政治思想工作，为国家培养了一大批又红又专的人才。
他爱护和关怀青年学生，也从政治上和生活上爱护和关心教职工，亲自做一些著名老教授入党的培养和发展工作。蒋南翔在清华大学的探索和呕心沥血的工作，丰富了社会主义教育的经验，影响和促进了高等教育的改革，对改革中国的教育制度发挥了重要作用，对中国教育理论宝库作出了重要贡献。
