共4个剧场版，具体介绍如下：
1、剧场版1引爆摩天楼，内容为歹徒向工藤新一发出挑战，在米花市区各地安装了炸弹，作案手法令**百思不得其解，在柯南的缜密推理下，终于将嫌疑犯的矛头指向了变态建筑师森谷帝二，并最终揭露了其罪行；
2、剧场版2第14个目标，内容为妃英理、阿笠博士皆无故遭到神秘人士的偷袭，犯案现场均留下了一张诡异的扑克牌，柯南从扑克中推理出犯人将根据牌中的数字进行犯罪并展开调查；
3、剧场版3瞳孔中的暗***者，内容为两位东京警视厅的警官惨遭***害，死时手中都握着**手册，柯南与小五郎向目暮警官询问此事，不料却被他一口回绝，也就是说此事与**组织内部有关，柯南在现场寻找线索，解开层层不解之谜；
4、剧场版4迷宫的十字路，内容为在东京、大阪和京都三地发生了***人事件，死者都是盗贼集团源氏萤的成员，且死者每人手中的《义经记》均被凶手夺走，柯南等人受邀前往京都解谜而遇到了层层阻碍。
