细菌、真菌和病毒是生物界中三种不同的微生物，它们在结构、生活习性、繁殖方式等方面存在很大的区别。
1、结构区别：
细菌是原核生物，没有真正的细胞核，只有核糖体一种细胞器，它们的形态多样，有球状、杆状、螺旋状等，真菌有真核细胞，有细胞核和各种细胞器，如线粒体、内质网等，病毒没有细胞结构，由DNA或RNA包裹在蛋白质外壳内组成。
2、生活习性区别：
细菌是单细胞生物，可以独立生活，也可以相互依赖形成共生关系，它们在土壤、水体、人体等环境中广泛存在，有的有益，如乳酸菌、醋酸杆菌等；有的有害，如肺炎球菌、大肠杆菌等，真菌一般是多细胞生物，有茎、叶、花、果实等器官，有的进行腐生生活，如蘑菇、霉菌等；有的进行寄生生活，如病毒利用宿主细胞进行繁殖，病毒不能独立生活，必须寄生在其他生物的活细胞内才能繁殖。
3、繁殖方式区别：
细菌通过二分裂、裂殖等方式进行繁殖，繁殖速度快，数量多，真菌通过孢子生殖，有的通过出芽生殖(如酵母菌),有的通过裂殖(如霉菌)繁殖，病毒没有细胞结构，只能借助宿主细胞的原料和能量进行复制，繁殖速度慢，数量少。
4、营养方式区别：
细菌和部分真菌可以进行腐生或寄生生活，吸收宿主体内的有机物或其他物质作为营养来源，病毒不能进行独立的代谢活动，必须寄生在宿主细胞内利用宿主的原料和能量进行复制。
5、抗药性区别：
由于细菌和真菌的繁殖方式、生活环境等方面的差异，它们对药物的抵抗力也不同，许多细菌和真菌已经产生了抗药性，这给治疗感染性疾病带来了很大的困难，而病毒对药物的抵抗力相对较弱，目前尚无特效药物可以治愈所有病毒感染。
