山茱萸和吴茱萸的区别在于种属、形态以及药用价值的不同，山茱萸是山茱萸科落叶灌木或小乔木，而吴茱萸则是芸香科小乔木或灌木植物，前者的核果长椭圆形，果实饱满，味酸，后者的果实密集，味辛，像一颗颗小瘤子，表面不光滑也不艳丽 。
