等位基因的根本区别在于它们的碱基排列顺序不同,但所携带的遗传信息相同,在一对同源染色体的同一位置上,由于基因突变或交叉互换等原因,可能产生多个等位基因,它们具有不同的核苷酸序列,但所编码的氨基酸序列或表现型特征相同,等位基因之间的差异是微观的,而它们所携带的遗传信息则是宏观的。