卵巢囊肿的发病原因至今尚不完全清楚，主要和环境、饮食、内分泌、遗传因素等相关。 最常见的几种原因有：1排卵或怀孕，每个月经周期，卵巢都会生长出一个小囊袋，叫做“卵泡”，通常情况下，每逢排卵期，卵巢都有一个卵泡破裂，释放出一个卵子细胞，如果这时候成功受孕，有时卵巢也会形成一个囊肿会持续几周或几个月，我们称为“黄体囊肿”，然而有时候，卵泡生长发育但是不发生破裂排卵，从而形成了一个囊肿，卵巢内这些类型的囊肿亦被称作“功能性”卵巢囊肿，对身体无害，通常会自行消失不需要治疗，2皮样囊肿，又成为“畸胎瘤”，是20-40岁女性最常见的囊肿类型之一，它由卵巢生殖细胞组成，内部可以含有牙齿、毛发或脂肪等成分，大多数畸胎瘤是良性的，但也有一小部分是恶性的，3多囊卵巢综合征(Polycystic ovary syndrome,简称PCOS)。
