1.从工作方式看。管理层的内部控制评价是一项自我评价，一般是成立内部控制评价工作组，由风险管理部、财务部、内部审计部等众多职能部门共同开展对本职能领域内的评价工作，会计师的内部控制审计则是独立第三方进行的鉴证工作；
2.从评价的内容看。管理层的内部控制评价一般是全流程的，既有财务报告相关，也有非相关的；内控审计主要是财务报告相关流程的；这是最主要的区别。
3.从评价的深度看。即使是对同一业务流程，从原则上讲，管理层的内部控制自评价的深度和广度都要超过内部控制审计的范畴。举个简单例子，对合同管理这一环节，管理层的内控评价通常包括业务合同文本是否采用公司标准合同文本，如没有，是否有法律部对合同条款进行审核这一控制点，内部控制审计往往会关注合同审批的合规性，但一般不会深入到对合同文本本身的关注。
