化石是指在地层中保存的古代生物的遗体、遗物或生活痕迹，经过长时间的地质作用，被矿物质所替代而形成的，化石的形成过程可以分为三个阶段：生物死亡、生物遗体的保存和矿物质的填充。
1、生物死亡：当生物死亡后，其体内的有机物质会逐渐分解，同时细菌和真菌等微生物会侵入体内分解有机物质，随着时间的推移，生物体内的水分和气体逐渐丢失，最终导致生物体干燥、硬化，这个过程被称为硬化作用，在这个过程中，生物体的各种组织和器官会逐渐形成一种类似于石头的物质，这就是所谓的骨骼石化。
2、生物遗体的保存：一旦生物体死亡并开始硬化，它就很难再次活动或腐烂，如果一个生物体能够被其他生物或自然力量固定在一个相对稳定的位置上，那么它的遗体会更加难以分解，这就为化石的形成提供了条件，当鱼被捕食者吞下后，它们可能会被困在消化道中无法逃脱，在这种情况下，鱼的身体可能会被胃酸腐蚀并排出体外，但其骨骼和鳞片等硬组织却得以保留下来，这些硬组织随着时间的推移逐渐转化为矿物质，最终形成了化石。
3、矿物质的填充：一旦生物遗体被固定住并且没有受到太多破坏，它们就会逐渐被周围的矿物质所填充，这个过程被称为矿化作用，矿物质可以渗透到生物体的各个部分，包括骨骼、壳类、牙齿等，随着矿物质的不断沉积和堆积，生物体的形态和结构逐渐被改变和重塑，整个生物体被矿物质所包裹，形成了一个完整的化石。
