巡航导弹和弹道导弹是两种不同类型的导弹，它们在飞行轨迹、目标攻击方式和战术应用等方面存在显著差异。
1、飞行轨迹：巡航导弹的飞行轨迹呈弧线状，类似***机在大气层内的飞行，这种导弹通过调整自身的推力和空气动力特性，可以在大气层内进行长时间的航行，而弹道导弹则沿着一条直线或特定曲线飞行，其速度和高度在发射后基本保持不变，弹道导弹通常需要进入地球轨道或其他高轨道，以便实现更远距离的目标打击。
2、目标攻击方式：巡航导弹在接近目标时，通常采用自主制导系统，如红外寻的、雷达寻的、星基导航等方式，精确捕捉目标并进行精确打击，而弹道导弹则需要预先设定目标位置，然后沿预定的弹道飞行，弹道导弹的命中精度相对较低，但由于其射程远、速度快，可以实现对大范围目标的攻击。
3、战术应用：巡航导弹由于其在大气层内的滑翔特性，具有较高的生存能力和突防能力，适用于对敌方防线实施打击，巡航导弹还可以携带多种载荷，如核弹头、化学战剂等，具有较强的战术多样性，弹道导弹则主要用于远程打击任务，如对敌方战略目标的攻击，由于其射程远、速度快，弹道导弹具有较强的威慑作用。
4、发射方式：巡航导弹可以通过陆基、海基和空基等多种平台发射，如潜艇、舰船、战斗机等，这使得巡航导弹具有较强的隐蔽性和突然性，有利于提高作战效能，弹道导弹的发射方式相对单一，主要依靠洲际弹道导弹(ICBM)发射器，如美国的民兵III型洲际弹道导弹。
5、防御措施：由于巡航导弹和弹道导弹具有不同的特点和战术应用，因此在防御方面也需要采取不同的措施，对于巡航导弹，可以加强预警系统的建设，提高对空中目标的探测能力；发展反导武器系统，如反弹道导弹(ABM)、地面防空系统等；加强敌后侦查和破坏力行动，对于弹道导弹，可以发展空间拦截系统(如反弹道导弹),拦截来袭的弹道导弹；加强反导武器系统的建设，提高对弹道导弹的拦截能力；从战略层面削弱敌方的核威慑能力。
