免税店和保税店的主要区别在于商品的税收政策,免税店销售的商品是免征关税、增值税和消费税的,顾客购买后可直接带出境外;而保税店销售的商品在进口时已经征收了部分关税和增值税,但在保税区内销售时仍然可以享受一定期限的税收优惠政策,待商品出境时再进行一次缴税,免税店适合购买高端奢侈品和日用品,而保税店则适合批发和采购大宗商品。