染色体变异和基因突变都是遗传学中的变异现象,但它们之间有明显的区别,染色体变异是指染色体结构或数目的改变,包括缺失、重复、倒位、易位等,通常会影响到整个染色体群体,而基因突变是指基因内部碱基对的增添、缺失或替换,导致基因序列发生改变,通常只影响到一个或几个基因,染色体变异是染色体水平上的变异,而基因突变是基因水平上的变异。